流量稍大的微型气泵往往噪音不理想。微型气泵噪音主要由机械振动噪音和气流噪音两部分组成。品质好的微型气泵如果安装得好，机械振动噪音很小，气流噪音是噪音的主要的来源。大量的气体在狭小的泵内高速流动必然产生噪音，对这部分噪音进行处理是非常重要的，但常常被忽视。因此选配消音器是必要的。对消音器不仅要求它的消音效果好，还要它的阻力小，它不能大量衰减流量。因为噪音与整个气路系统都相关，因此消音器安装在泵的进气口还是排气口、安装几只，都需要配合整个系统的情况确定，不是千篇一律的，这需要我们试验才能得到最佳方案。
消音器上的弯头和直通接头都可作为连接泵进、排气口的连接端，由使用者根据消音效果自行试验确定。建议在泵的抽气口和排气口都连接消音器，消音效果最佳。在条件不允许进、排气口同时连接时，可根据实际效果自行确定在泵的抽气口或排气口连接消音布。
对于一般市面上容易买到的消音器，往往是用在高压气动系统上的，阻力很大，不能用于微型气泵，容易损坏泵。
还有一种降低气流噪音的简单方法。就是故意在抽气口或排气口端使用较长的管子，并把管子故意盘绕，总之就是要改变气流状态，如果改变得合适也可以降低噪音。
如果泵自带减震脚对于降低机械振动噪音是很好的，否则要自已配减震装置。
